Locke y Jack consiguen abrir la escotilla y descubren que dentro hay un búnker en el que habita un nuevo personaje: Desmond.

Desmond llegó a la isla cuando la barca en la que viajaba para intentar recuperar al amor de su vida, Penny Widmore, naufragó hace tres años. Un individuo llamado Kelvin le arrastró al búnker y le advirtió de que no debía salir al exterior ya que el aire estaba contaminado. Desde que Kelvin murió, Desmond vive solo y recluido, ignorando la existencia de otras personas en la isla. Cada 108 minutos introduce una serie de números (4, 8, 15, 16, 23 y 42) en un ordenador; según le dijo Kelvin, esta acción tiene como objetivo “salvar al mundo”.

Jack desconfía de él pero poco después encontrarán un vídeo de la Iniciativa Dharma que justifica la existencia de estaciones ocultas diseminadas por la isla, así como la necesidad de introducir esos números. La Iniciativa Dharma es una misteriosa organización dedicada a experimentos científicos que parece estar unida desde hace años a las peculiaridades ultra terrenales de la isla.

Sawyer, Michael y Walt intentan escapar de la isla con una balsa construida en la primera temporada. Inmediatamente son abordados por una barcaza. Los Otros secuestran a Walt y dejan a los adultos heridos y abandonados a su suerte. A duras penas, conseguirán volver a la isla, a una zona desconocida para ellos. En su camino de vuelta al campamento, encontrarán a más supervivientes del Oceanic 815: concretamente, a los pasajeros que viajaban en la cola del avión.

El miedo a un ataque por parte de Los Otros es una de las constantes de la vida en el campamento y en el búnker. Los supervivientes consiguen hacer su primer prisionero, un extraño individuo que se identifica como Henry Gale pero que, en realidad, se llama Ben Linus. Pronto se revelará como un tipo mentiroso, manipulador y muy muy peligroso.

Aunque algunos como Jack están convencidos de que, en realidad, no sirve para nada, en el grupo se turnan para llevar a cabo la misión de introducir los números en el ordenador. Durante su guardia en el búnker, Locke sufre un accidente y queda inmovilizado. Los 108 minutos pasan sin que se introduzcan los números. El bunker comienza a temblar y en la pared se dibuja un mapa. Ben Linus (aún conocido como Henry Gale) ayuda a Locke a restablecer el orden, ganándose así su confianza.

El mapa que Locke ve durante el accidente le lleva a otra estación central de Dharma. En ella hay un control de circuito cerrado. Descubren que la isla está plagada de cámaras. Las advertencias de Jack pesan como una losa sobre Locke; cree comprender que la intención de Dharma es utilizar a los humanos como conejillos de indias, con ridículos ejercicios como el de introducir los números en el ordenador.

Durante a una guardia frente al ordenador, Michael recibe un mensaje escrito de alguien que se identifica como Walt, su hijo, que permanece secuestrado. El supuesto Walt le dice a su padre que, Los Otros están dispuestos a sacarles a los dos de la isla. Para ello, debe liberar a Ben Linus y conseguir llevar a Jack, Kate, Sawyer y Hurley al campamento enemigo. Dispuesto a todo con tal de recuperar a su hijo, Michael termina matando a dos de sus compañeras, engañando a sus amigos y liberando al peligroso Ben Linus. Los Otros cumplen su promesa: entregan a Walt y le facilitan a Michael unas coordenadas con las que podrá volver a la civilización. Michael y Walt abandonan la isla, dejando a Jack, Kate, Sawyer y Hurley a merced del cada vez más malvado Ben Linus.

De vuelta en el búnker, Locke, en plena crisis de fe, decide no introducir la serie de números para demostrar que todo es un experimento psicológico. En los instantes finales, Desmond recuerda que el día que el avión Oceanic 815 se estrelló en la Isla tampoco introdujeron los números.

El tiempo se cumple. Una luz invade toda la Isla.

Dos personas en el Polo Norte reciben una alarma. Inmediatamente se comunican con una mujer que espera ansiosa una señal: es Penny, la novia de Desmond.

En el primer episodio de la T2 de Perdidos (Lost) en FOX, uno de los supervivientes desciende por la misteriosa escotilla, y Shannon se topa en la selva con alguien conocido. El grupo de amigos, parientes, enemigos y desconocidos tiene que seguir colaborando y luchando contra el mal tiempo y la dureza del terreno si quiere seguir con vida. Pero como bien saben después de haber pasado ya cuarenta días en la isla, el peligro y el misterio acechan en cada rincón, y las personas que las que confían pueden volverse en su contra. Incluso los héroes tienen secretos.

Con el secuestro de Walt todavía reciente y la balsa destruida, Michael, Sawyer y Jin luchan por sobrevivir y descubren que en el mar embravecido se oculta un nuevo depredador. Mientras tanto, en tierra, Locke se ve obligado a descender por la escalerilla cuando desaparece dentro uno de los náufragos.

Jack, Locke y Kate descubren más cosas sobre la escotilla. Mientras, Sawyer, Michael y Jin han sido capturados y se preguntan si sus captores son otros supervivientes o «los Otros» a los que tanto temen.

Algunos recuerdos incómodos de su pasado hacen que Hurley tenga problemas para cumplir la misión que le han asignado dentro de la escotilla. Mientras tanto Sawyer, Michael y Jin descubren quiénes son sus captores, y Claire revela un dato sorprendente acerca de lo que ocurrió con la balsa.

Michael se adentra en la selva decidido a encontrar a Walt, pero descubre que no está solo. Mientras, sus captores ordenan a Sawyer y a Jin que los lleven hasta el campamento, y Sun busca sin parar el anillo de boda que ha perdido.

La herida de Sawyer pone en peligro su vida cuando Michael, Jin y él se abren paso a través de la zona interior de la isla con los supervivientes de la cola del avión. Mientras, Shannon vuelve a tener visiones en las que ve a Walt, y Charlie siente celos del interés que Locke muestra por Claire.

Se descubre cómo transcurrieron los angustiosos primeros 48 días para los supervivientes de la cola del avión.

Surgen problemas cuando Ana Lucía y su grupo se encuentran con Sayid y los demás náufragos.

Se desvela cuál fue el delito que cometió Kate y que la llevó a vivir huyendo. Mientras tanto, los supervivientes entierran a uno de los suyos, Kate vela noche y día a un Sawyer febril, y el señor Eko tiene una sorpresa para Locke relacionada con la escotilla.

El señor Eko interroga a Charlie acerca de la estatua de la Virgen María, Claire pierde la confianza en Charlie cuando descubre su secreto, y Jack observa con interés cómo Kate le corta el pelo a Sawyer, que ya está más recuperado.

Jack, Locke y Sawyer persiguen a Michael, que se ha adentrado en la selva decidido a localizar a los Otros y a Walt. Por otro lado, cuando Sun se entera de que Jin quiere unirse al grupo reacciona de una forma inesperada, y Hurley y Charlie comparten sus quejas acerca de las mujeres y se lamentan de que no las entienden.

Charlie tiene unas pesadillas muy intensas y surrealistas que le hacen pensar que Aaron, el hijo de Claire, corre peligro, y esto lleva a Locke a sospechar que Charlie ha vuelto a drogarse. Mientras tanto, Sawyer anima a Hurley a que si le gusta Libby, haga algo.

Los supervivientes tienen miedo de que los Otros hayan regresado, ya que Sun ha sufrido un intento de secuestro y está herida. Mientras, Sawyer se queda al margen y observa con mucho interés cómo se va a acumulando la tensión entre Jack, Locke, Kate y Ana Lucía.

Rousseau lleva a Sayid junto a un misterioso hombre que ha capturado en la selva, y Sayid decide averiguar si es o no uno de los Otros. Mientras tanto, Sawyer descubre que Hurley ha traicionado la confianza de los supervivientes de la isla de Perdidos (Lost) y aprovecha para chantajearlo y conseguir que lo ayude a localizar a una esquiva criatura que vive en la isla y que no lo deja en paz.

Claire está desesperada, y acompañada por Kate y Rousseau intenta regresar al lugar donde estuvo secuestrada porque piensa que allí podrá encontrar la cura para la misteriosa enfermedad de su pequeño Aaron. Mientras, Jack y Locke intentan ocultar su prisionero al resto de los supervivientes.

Sun no sabe si contarle o no un secreto a Jin, algo que podría poner patas arriba el equilibrio del grupo de supervivientes. Mientras tanto, Locke pide ayuda a Ana Lucía para interrogar al prisionero y sacarle más información de la que han podido obtener él, Jack y Sayid.

La escotilla se pone en marcha por sí sola repentinamente y Locke se ve obligado a pedir ayuda a la persona más inesperada. Mientras, Ana Lucía, Sayid y Charlie se adentran en la selva para intentar descubrir qué hay de cierto en la historia de Henry.

Libby ayuda a Hurley, que está empezando a pensar que la isla está provocando en él un efecto de lo más extraño, y Locke empieza a tener dudas cuando el prisionero le da nuevos datos sobre la escotilla.

Sorprendentemente, Rose se opone por completo al plan de Bernard de crear una señal de S.O.S. La chispa vuelve a surgir entre Jack y Kate mientras se adentran en la selva para proponer un intercambio a los Otros. Y Locke empieza a cuestionarse su fe en la isla de Perdidos (Lost).

Jack y Kate llevan a Michael, que está agotado, de regreso al campamento, y allí les cuenta novedades acerca de los Otros. Mientras, Ana Lucía intenta conseguir que el prisionero confiese, y Hurley prepara una cita sorpresa con Libby.

El señor Eko le pide ayuda a Locke para encontrar un lugar secreto en el que cree que hay respuestas a los misterios de la isla. Mientras tanto, Jack y los demás supervivientes intentan bregar con la mala situación de la estación.

Michael está decidido y convence a Jack y a otros de los náufragos de que lo ayuden a rescatar a Walt de los Otros. Mientras, Charlie se lleva una decepción cuando el señor Eko decide parar la construcción de la iglesia.

Tras descubrir algo extraño frente a la costa, Jack y Sayid trazan un plan para enfrentarse a los Otros, y con un poco de suerte rescatar a Walt. Mientras tanto, Eko y Locke se enfrentan a golpes cuando Locke toma una decisión acerca del botón y la escotilla que podría ser catastrófica.

En el último episodio de la segunda temporada de Perdidos (Lost) en FOX, tras descubrir algo extraño frente a la costa, Jack y Sayid trazan un plan para enfrentarse a los Otros, y con un poco de suerte rescatar a Walt. Mientras tanto, Eko y Locke se enfrentan a golpes cuando Locke toma una decisión acerca del botón y la escotilla que podría ser catastrófica.